بیست سال پس از انقلاب های جهان ماتریکس، نئو در جهان واقعی تحت نام خودش توماس اندرسون زندگی می کند. او دچار این مشکل می شود که آیا اتفاقاتی که تجربه می کند واقعی هستند یا همگی از توهمات او سرچشمه می گیرند پس تصمیم می گیرد که…

مردی جوان به ناگهان از ناکجا آبادی در سوریه ظاهر می‌شود، او دارای ویژگی‌هایی است که به سرعت افراد زیادی را جذب خود می‌کند، اما در این میان سازمان اطلاعات از وجود او باخبر می‌شود و به همین دلیل ماموری را برای پیگیری این پرونده اعزام می‌کند...